История аэродрома уходит своими корнями в годы Великой Отечественной войны.
Всё началось летом 1941 года. Немцы рвались к Москве.
Для защиты столицы от налётов немецкой авиации был образован шестой истребительный авиационной корпус ПВО. С этой целью вокруг Москвы разворачивалось строительство аэродромной сети и световых прожекторных полей…
В строительстве аэродрома принимали участие местные жители и учащиеся малинской школы. Директором школы был И.Ф. Великанов. Ложный аэродром был построен тоже
недалеко от Малина, у деревни Никола-Тители. Лётный состав истребителей ПВО располагался в здании бывшей церкви Успения Богородицы. Вокруг церкви были отрыты щели для укрытия личного состава в случае налёта немецкой авиации.
В 1942 году кроме истребителей ПВО на аэродроме базировался 205-й авиационный полк пикирующих бомбардировщиков.
23 марта 1943 года на аэродром перелетел полк Василия Сталина. В начале 1943 года на аэродроме базировались истребители ЯК-7Б и американские самолёты Р-39
«Кингкобра».
В мае 1943 года на аэродроме «Остафьево» формировалась 2-я гвардейская авиационная дивизия бомбардировщиков дальнего действия.
В конце мая из Остафьева в Малино прилетает 3-й гвардейский полк этой дивизии, а 19 июня прибывает 18-й
гвардейский полк. Командиром дивизии был Герой Советского Союза, полковник А.И. Щербаков, штурманом дивизии – А.С. Петушков, начальником штаба – К.Н. Шевчук, комиссаром дивизии – Герой Советского Союза С.Н. Соколов. Третьим гвардейским полком командовал Герой Советского Союза П.П. Глазков. 18-м гвардейским полком командовал А.Я. Вавилов. Этот полк совершил 514 боевых вылетов во время Курской
битвы летом 1943года.
12 декабря 1943 года 3-й и 18-й гвардейские полки из Малина перебазировались в Брянск, а затем в город Лугу. Лётчики 2-й гвардейской Севастопольско-Берлинской дивизии закончили свой боевой путь под Берлином.
В 1944 году на Малинском аэродроме базировался 6-й авиаполк дальней авиации, командиром которого был Г.П. Дорохов.